全自动土壤研磨仪对样品进行预处理前，应将缓冲液进行低温预冷，准备若干个冰块备用，镊子、剪刀等研磨工具用高浓度杀菌剂消毒。如果在操作过程中需要从样本中提取RNA等成分，镊子、剪刀等物品需要再次用酒精消毒，尽可能对RNase进行消毒。另外，将准备好的离心管置于冰上进行低温预冷，加入适量的PBS缓冲液。然后，从-80℃冰箱中取出磨碎的组织样品，置于冰上，用消毒过的镊子和剪刀将样品切成小块，然后放入相应的离心管中进行实验。
将离心管放入研磨设备的适配器，启动研磨设备，设置样品研磨参数，启动仪器程序运行，研磨样品。全自动土壤研磨仪停止运转后，取出研磨样品，进行后续实验分析应用。使用全自动土壤研磨仪进行样品研磨主要是为了高效、快速地完成研磨工作，避免样品之间的交叉感染，减少对后续实验操作和分析结果的影响。
使用前应准备：
1、若需要预冷冻，可将装有样品的球磨罐放入液氮环境中冷却3分钟以上，然后再装入仪器进行研磨。使用液氮进行预冷冻时，应做好防护措施，防止被冻伤。
2、将球磨罐放入高通量组织球磨仪的夹具内，慢慢转动转轮，依靠自动定位的紧固装置固定好球磨罐，盖上盖子。
3、将适量样品和研磨球放入球磨罐中，注意不要装满，要预留一定的研磨空间。初次研磨建议保持样品和研磨球各占球磨罐容积的三分之一。
4、将仪器放置在干燥通风的环境中，插上电源，观察仪器控制显示器是否正常亮灯。打开仪器，测试控制按钮是否能正常使用，仪器空载运行时是否有异响。
